Eközben augusztus 27-én az igazságügy miniszter, Schmerling a minisztertanács elé terjesztette az ítéletekkel kapcsolatos elképzeléseket. Bár mérsékeltebb volt, mint Haynau, emberségről még sincs szó: "A legnehezebb kérdés, hogy a törvények teljes szigorával, halálbüntetéssel kell-e sújtani minden vizsgálat alá kerülőt, vagy pedig halálbüntetés helyett másfajta büntetést kelljen-e elszenvedniük a kevésbé vétkeseknek. Erre vonatkozólag általánosságban ki lehetne mondani, hogy a legvétkesebbnek a törvények szerint kell lakolniuk, a kevésbé vétkesek esetében pedig báró Haynau táborszernagyra kell bízni, hogy másfajta büntetést szabjon ki rájuk. A minisztertanács elfogadta Schmerling javaslatát, csak Bach belügyminiszter toldotta meg azzal, hogy Haynaut megfelelő hatalommal kell felruházni ahhoz, hogy a büntetéseket gyorsan végre tudja hajtani. Bár Ferenc József augusztus 29-i legfelsőbb kézirata Haynaut arra kötelezte, hogy " ... a halálbüntetést csak a legbűnösebb és legveszedelmesebb egyéneken hajtsák végre ...", de a halálbüntetés tényéről csak utólagosan kellett jelentést tennie az uralkodónak. Schmerling ugyan némi erőtlen kísérletet tett arra, hogy elérje: Haynau csak a halálos ítéletek bécsi megerősítése után hajtathassa végre az ítéleteket. Schwarzenberg miniszterelnök, Bach és Haynau azonban megakadályozták a királyi kézirat mérséklését. Eközben Haynau - a komáromi várvédőkkel történő egyezkedés közepette - Ernsttől, a vértanúk perének tárgyalásvezető hadbírájától megkapta az ítéleteket megerősítés végett. A "bresciai hiéna" azonban még vár, október 2-án rendelkezik csak a kivégzés módozatairól. Október 6-ára, Latour halálának évfordulójára tűzte ki a kivégzéseket. Az aradi foglyok még reménykedtek, október 4-e, az uralkodó névnapja, lehet, hogy amnesztiát hirdet. De minden remény szertefoszlott ezen a napon, mert amnesztia helyett Haynau végzése érkezett meg. Másnap reggel hét órakor Ernst hadbíró felsorakoztatta a tábornokokat, s kihirdette az ítéleteket. Ezután megbilincselték a tábornokokat, majd visszavezették őket a cellájukba, megtagadva tőlük azt a kérést, hogy együtt tölthessék az utolsó napot. Október 6-án hajnali kettő és három óra között a papok felkeresik a halálraítélteket. Aulich Lajos Horatius verseit olvasgatta, Török Ignác Vauban várépítésről szóló könyvét bújta, Láhner György fuvoláján játszott, Dessewffy Arisztid még aludt. Többen még utolsó soraikat vetették papírra búcsúlevelükben. Fél hatkor először a golyó általi halálra ítélteket - Schweidel Józsefet, Kiss Ernőt, Dessewffy Arisztidet és Lázár Vilmost - vezették a kirendelt katonaság közé. 12 katona állt fel velük szemben töltött fegyverrel, majd midőn a parancsnokuk kardjával intett, a lövések eldördültek, Kiss Ernő kivételével mindhárman élettelenül buktak a földre. Kiss Ernőt csak a vállán érte a lövés, ezért három katona közvetlenül elé állt, s leadták a halálos lövést Kiss Ernőre is. Ezután következtek az akasztófára ítélt tábornokok a következő sorrendben: Poeltenberg Ernő, Török Ignác, Lahner György, Knezich Károly, Nagy-Sándor József, Leiningen-Westerburg Károly, Aulich Lajos, Damjanich János és Vécsey Károly. Ez utóbbi vértanú büntetését - saját apja közbenjárásának köszönhetően - súlyosbították, mégpedig azzal, hogy őt akasztották fel utolsónak, vagyis végig kellett néznie társai kivégzését. Sorra búcsúztak el egymástól, Vécseynek már nem volt kitől búcsút vennie, ő Damjanich holttestéhez lépett, és bár nem szívlelték egymást, most megcsókolta Damjanich kezét. A kivégzést követően az elítélteket elrettentésül közszemlére tették ki, majd este az agyonlőtteket a sáncárokban, a felakasztottakat a vesztőhelyen temették el. Mivel a kivégzettek ruhái a hóhért illették, ezért a felakasztottakat levetkőztetve helyezték hol a bitófa elé, hol mögé, majd melléjük döntötték az akasztófa- oszlopokat is.